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1、 生理性疾病
虎皮病是苹果贮藏中后期的主要生理病害。成都冻库设计病变部位呈褐色，不规则，凹形，多发于阴面，无着色。同时，果皮下6-7层细胞呈褐色。病灶没有穿透到肉里。苹果冻库建设，易患此病。
防治方法：最主要的方法是晚收，提高果实成熟度。气调贮藏也能有效地防治该病。用0.25%～0.35%乙氧基喹溶液或0.2%～0.4%虎杖浸泡，用二苯胺纸和石蜡油纸包果，防治效果较好。
苦痘是苹果的一种皮下斑点病。病果果肉先褐变，然后扩散到病果表面。灰绿色或暗红色圆形斑点，也有不规则病变。病灶可扩大至直径1cm，深度0.2-0.3cm。坏死的组织有苦味。防治方法：合理施用氮肥，增施钙肥。开采前一般使用0.5%-0.8%。采用叶面喷施硝酸钙或氯化钙溶液5～6次，或采后用3%～4%氯化钙溶液浸种或浸泡1～2分钟，可控制病害。
红玉斑病红玉苹果容易发生小斑病，病只在果皮而不深入果肉。成都冻库病灶呈圆形，直径1-9mm，边缘清晰，褐色至暗褐色，稍凹。防治方法：适时采收、预冷、气调贮藏有利于防治。收获前在树上喷洒波尔多溶液、氯化钙和硝酸钙也可以降低发病率。
果实中高浓度的二氧化碳或低浓度的氧气造成的伤害有两种：果肉或果核出现小片褐变，最后在发病部位形成空洞，这是内源性的二氧化碳伤害，大部分见于国光和青香蕉；有些果皮会产生褐斑，甚至所有的果皮都会变成褐色，这就是所谓的外部二氧化碳损伤。co2伤害的发生与果实种子和气体成分有关。在可控气氛储存期间，应严格监测气体成分的变化。一般氧含量不低于1%，二氧化碳含量不超过10%。
2、 传染病
苹果的主要病害有炭疽病、青霉病、褐腐病、环腐病、黑腐病等。防治方法：用0.1%～0.25%噻菌灵或0.05%～0.17%苯莱特和多菌灵浸泡果实，成都冻库设计可减少和消除果园和仓库中的病原菌，用100～200mg/L仲丁胺防治青霉病和炭疽病能控制青霉和癣。适宜的低温和防腐剂能抑制病原菌的生长。
